Dieser Artikel umfasst alle wichtigen Geschehnisse zwischen Conan Edogawa und den Mitgliedern der Organisation.

Manga Anime Bild Zusammenfassung
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Shinichi Kudo entdeckt im Freizeitpark mit seiner Freundin Ran zwei zwielichtige Männer, Vodka und den Direkter einer Firma, der illegal miit Waffen handelt. Shinichi beobachtet Vodka heimlich dabei, wie dieser dem Direktor belastendes Beweismaterial aushändigt und als Gegenleistung eine stattliche Summe Geld erhält. Er wird allerdings von Gin überrascht, der ihn niederschlägt und dann ein Gift verabreicht, das ihn töten soll. Die erhoffte Wirkung bleibt jedoch aus - Shinichi wird um gut zehn Jahre verjüngt, ohne dass Gin und Wodka es bemerken.
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Shinichi sucht bei Professor Agasa Hilfe. Nachdem er ihn von seiner wahren Identität überzeugt hat, überlegen die beiden, wie es weitergehen soll. Als Ran plötzlich auftaucht, kann Professor Agasa Shinichi unter dem Namen Conan Edogawa bei den Moris einquartieren.
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Nach dem Eine-Milliarde-Yen-Raub stehen sich Gin und Akemi Miyano gegenüber. Diese fordert die Freilassung ihrer Schwester Sherry, was Gin jedoch ablehnt, da sie für die Organisation unersetzlich ist. Da Akemi ihm nicht verrät, wo das Geld ist, wird sie erschossen.
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Conan, Ran und Kogoro sind mit dem Zug unterwegs, um die Hochzeitsfeier eines Freundes zu besuchen, als plötzlich Gin und Vodka das Abteil betreten. Conan befestigt eine Wanze in ihrer Nähe, um sie zu belauschen. So bekommt er mit, dass die beiden planen, eine Geschäftspartnerin umzubringen, indem sie diese mitsamt des Zuges in die Luft jagen. Daher steigen die beiden bald wieder aus und ermöglichen es Conan auf diese Weise, ihre Pläne zu vereiteln. Diese Begegnung findet zwar so nur in Manga statt, ist aber insofern von großer Bedeutung, als dass Conan in diesem Zusammenhang die Decknamen der beiden Verbrecher, also Gin und Vodka, herausfindet. Im Anime begegnet Conan zwei Männern, die Gin und Vodka sehr ähnlich sehen und dieselbe Rolle für diesen einen Fall spielen. Es ist also fraglich, woher Conan im Anime die Decknamen der beiden kennt.
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Conan trifft auf Tequila, der eine Liste mit den weltweit führenden Programmieren zusammenstellen soll. Er stirbt bei einer Bomben-Explosion.
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Ai Haibara offenbart sich Conan als ehemaliges Mitglied der Organisation. Sie erzählt Conan, dass sie die Erfinderin des Giftes APTX 4869 ist und von den Männern in Schwarz gefangen genommen wurde, da sie sich weigerte, ihre Forschungen fortzusetzen, solange sie nicht über den Grund für die Ermordung ihrer Schwester, Akemi Miyano, informierte. Da auch sie auf die Größe eines Kindes schrumpfte, konnte sie die Handschellen lösen, mit denen sie gefesselt war, und durch den Müllschlucker ihrem Gefängnis entkommen. Da sie den Verdacht hegte, Shinichi sei dasselbe Schicksal widerfahren, suchte sie dessen Haus auf, bracht aber kurz davor zusammen. Professor Agasa fand sie vor seinem Haus auf. Die Organisation sucht nach ihr, allen voran Gin und Vermouth.
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Pisco plant einen Anschlag auf den Politiker Shigehiko Nomiguichi. Auch Conan und Ai sind vor Ort, um das Attentat zu verhindern. Nachdem Pisco der Mord gelingt, bringt er Ai in seine Gewalt und sperrt sie im Weinkeller ein. Conan nimmt über sein Detektiv-Abzeichen Kontakt zu ihr auf und bittet sie, den chinesischen Knollwurzelschnaps zu trinken, der er ihr ermöglicht, für kurze Zeit ihre erwachsene Gestalt anzunehmen. Sie kann durch einen Kaminschacht auf das Dach entkommen, doch dort wartet Gin bereits auf sie. Er schießt sie mehrfach an, doch kurz darauf wird er von Conans Narkose-Chronometer getroffen. Gin erkennt die Nadel rechtzeitig und entfernt sie durch einen gezielten Schuss, ist aber abgelenkt, so dass Sherry erneut durch den Schornstein entkommen kann. Im Weinkeller wird sie von Pisco erwartet und verwandelt sich wieder zurück. Pisco will sie töten, doch Conan lenkt ihn ab, indem er - ohne sich zu zeigen - den Mord am Politiker aufdeckt. Pisco schießt bei der Suche nach Conan auf eine Kiste, die mit Flaschen voll Spiritus gefüllt ist. Der Alhohol tritt aus und wird von Piscos Zigarette in Brand gesetzt. Der Raum geht in Flammen auf, so dass Conan mit Ai auf dem Rücken nach entkommen kann, da Pisco abgelenkt ist. Wenig später taucht Gin auf und tötet Pisco, da er bei der Ausführung seines Mordes photographiert worden ist. Außerdem stellt sich heraus, dass Chris Vineyard ebenfalls zur Organisation gehört, wovon Conan aber noch nichts weiß.
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Conan, Professor Agasa und die Detective Boys sind mit dem Bus unterwegs in ein Ski-Gebiet. An einer Haltestelle steigen mehre Personen ein, unter anderem Jodie Saintemillion, Tomoaki Araide - Vermouth in Verkleidung - und Shuichi Akai. Jodie und Tomoaki nehmen unmittelbar vor Conan und Ai Platz, die sofort die Anwesenheit eines Organisationsmitglieds spürt und in Panik gerät. Sie bittet Conan daher, mit ihm den Platz zu tauschen, und zieht sich ihre Kapuze tief ins Gesicht, um nicht erkannt zu werden.

Kurz darauf übernehmen Entführer die Kontrolle im Bus und platzieren dort Bomben. Mit den Passagieren als Geiseln wollen sie die Polizeit erpressen, einen ihrer Komplizen aus der Haft zu entlassen, doch Conan gelingt es mit Jodies Hilfe, deren Pläne zu vereiteln. Als der Bus ruckartig stehen bleibt, wird der Zeitzünder der Bomben beschädigt, so dass nicht mehr viel Zeit bleibt, um den Bus zu verlassen. Als alle Fahrgäste den Bus verlassen haben, fällt Conan auf, dass Ai fehlt. Vermouths Anwesenheit hat ihr vor Augen geführt, dass alle Menschen um sie herum in Gefahr sind, solange sie noch lebt. Also entscheidet sie sich dafür, durch die Explosion ums Leben zu kommen, doch Conan kann sie im letzten Augenblick retten. Am Ende des Falles zieht man Shuichi, der in ein Diktiergerät spricht, dass die Zielperson nicht in Erscheinung getreten sei. Es ist nicht näher bekannt, von wem die Rede ist.

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Ran und Shinichi befinden sich in New York, das von einem Serienmörder in Atem gehalten wird. Gemeinsam mit Yukikos Mutter un deren Freundin Sharon Vineyard besuchen sie ein Musical, doch ehe dieses beginnt, verabschiedet sich Sharon schon wieder, da ihr etwas Wichtiges dazwischen gekommen ist. Nach der Aufführung begibt sich Shinichi in ein verlassenes Gebäude, um Ran ein Taschentuch - ein Andenken an Sharon Vineyard - zurückzubringen. Ran, die vor dem Gebäude wartet, trifft auf Shuichi Akai, der ihr rät, zu verschwinden, da der Serienmörder noch immer sein Unwesen treibe. Ran hat Angst um Shinichi und begibt sich ebenfalls in das Gebäude, wo sie dem Mörder in die Arme läuft. Als er das Treppengeländer herunterzustürzen droht, wird er von Ran und Shinichi gerettet. Der Serienmörder richtet unsicher seine Pistole auf Shinichi, doch da deren Schalldämpfer die Treppe herunter gefallen ist und das FBI noch in der Nähe ist, wagt er es nicht zu schießen. Später erfährt man, dass Vermouth sich als der Serienmörder verkleidet hat und Shinichi und Ran die Rettung hoch anrechnet. Siehe auch unter Angel & Cool Guy.
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Conan kommt durch einen Zufall in Besitz des Tagebuches des Programmierers Itakura, der von der Organisation erpresst worden ist, eine Software zu entwickeln, vor der Übergabe aber von einem ehemaligen Freund ermordet wurde. Zusammen mit Professor Agasa liest er sich jeden Eintrag des Tagebuches genau durch und findet einige Hinweise. Da Itakura in seinem Tagebuch mehrfach erwähnt hat, dass er sich beobachtet fühle, besuchen Conan und der Professor dessen Ferienhaus. Als die beiden seinen Computer anschalten, kommt eine E-Mail an, die sich nach 10 Sekunden wieder löscht, da das Passwort nicht eingegeben wurde. Kurz darauf ruft Vodka, der mitbekommen hat, was mit der Mail passiert ist, in Itakuras Ferienhaus an. Conan nimmt ab und ahmt mit dem Stimmen-Transposer Itakuras Stimme nach. Geschickt vereinbart er ein Treffen mit dem Organisationsmitglied, das in einem Bahnhofsgebäude stattfinden soll, welcher augenblicklich umgebaut wird, um ihm das Programm zu überreichen. Da Conan schon früher am Übergabeort ist, bringt er einen Peilsender in der Hülle an und hinterlässt diese, fixiert mit Klebeband, in einem Schließfach. Als Vodka ankommt, wartet er vergeblich auf Itakura und zündet sich daher eine Zigarette an. Unachtsam lässt er sie fallen, als er entdeckt, dass der vermeintliche Itakura schon vor Ort war. Conan wollte genau das bezwecken und auf diese Weise an Vodkas Speichelproben (DNS) gelangen. Um das Programm an sich zu nehmen, muss Vodka zudem seine Handschuhe ausziehen, um den Klebefilm zu lösen. Dadurch hinterlässt er Fingerandrücke, doch plötzlich taucht Gin auf und klärt Vodka über dessen Fehler auf. Da die Hülle noch warm ist, glaubt Gin, Itakuras Detektiv sei noch vor Ort, denn dem Programmierer traut er ein derart professionelles Vorgehen nicht zu. Da niemand seitdem das Bahnhofsgebäude verlassen hat, liegt der Schluss nahe, dass sich der Detektiv noch immer im Raum mit den Schließfächern aufhält. Dieser wird nun von den beiden Verbrechern genau untersucht, allerdings ohne Erfolg, denn Conan, der das Gespräch belauscht hat,hat sich in einem Schliefach versteckt. Weil Gin nicht glauben kann, dass ihm der Detektiv entwischt sein soll, beginnt er damit, alle Schließfächer zu durchsuchen, doch als er gerade die Tür zu Conans Versteck öffnen will, entsinnt er sich, dass dieses für einen Erwachsenen viel zu klein ist.
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Am Anfang erhält Shinichi von Vermouth eine Einladung zu einer Halloween-Party außerhalb der Saison. Conan erkennt, dass es sich dabei um ein Mitglied der Organisation handelt, das augenscheinlich nach Sherry sucht. Mit Hilfe seiner Mutter verkleidet er sich als Ai Haibara, während Heiji, als Shinichi verkleidet, die Party besucht. Währenddessen wird die kranke Ai - der verkleidete Conan - von Jodie Starling abgeholt, die sie in ein Krankenhaus bringen. Eigentlich hatte Vermouth vor, in Gestalt der Schularztes Tomoaki Ai zu entführen und zu beseitigen, doch Conan entscheidet sich dafür, Jodie zu folgen, was Vermouth nicht verborgen bleibt. Sie folgt den beiden und wird von Jodie in einem Hafen gestellt. Doch es stellt sich heraus, dass Vermouth genau wusste, was das FBI vorhat, so dass sie Jodies Falle entschärft und dieser nun ihrerseits eine Falle gestellt hat. Fast gelingt es ihr, Jodie zu töten, doch Conan demaskiert sich und entwaffnet Vermouth. Doch da taucht die echte Ai auf, die Conan über eine Radarbrille geortet hat. Sie hat vor, sich Vermouth zu stellen, um die Jagd der Organisation nach ihr zu beenden und um ihre Freunde durch ihre Anwesenheit nicht weiter in Gefahr zu bringen. Conans Plan scheitert, denn er ist für einen Augenblick abgelenkt und kann von Vermouth betäubt werden. Vermouth ist fast am Ziel. Doch schon wieder wird ihr Plan vereitelt - diesmal von Ran, die sich in Jodies Kofferraum versteckt hat und sich nun vor Ai wirft. Vermouth möchte Ran nicht töten, weil sie ihr in New York das Leben gerettet hat. Shuichis Auftauchen zwingt Vermouth zur Flucht, allerdings nimmt sie Conan als Geisel. Da Conan an elektronische Geräte angeschlossen ist, die alle Geräusche - so auch die Tastentöne der E-Mail-Adresse vom Boss - aufgezeichnet haben, zerstört sie diese, betäubt Conan erneut und flieht. Da sie in Conan die Silberne Kugel sieht, schützt sie ihn, indem sie gegenüber Gin behauptet, keine Person namens Shinichi Kudo zu kennen.
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Die Nachrichtensprecherin Rena Mizunashi beauftragt Kogoro Mori, da sie seit einiger Zeit von Unbekannten mit Klingelstreichen belästigt wird. Um den Verantwortlichen ausfindig zu machen, bringt Conan eine Wanze vor der Tür an, doch nachdem der Fall abgeschlossen ist, vergisst er, sie zu entfernen. Sie fällt herab und heftet sich an Renas Schuh. Auf diese Weise bekommt Conan mit, dass sie ihr Handy einschaltet und dort eine E-Mail-Adresse eingibt, die wie das Kinderlied "Nanatsu no Ko" klingt. Wenig später erhält sie einen Anruf von Gin. Conan hat damit ein neues Mitglied der Organisation - ihr Deckname lautet Kir - ausfindig gemacht und versucht nun, die Wanze unter dem Schuh zu entfernen, damit Kogoro als Detektiv nicht unter Tatverdacht gerät. Zusammen mit dem Professor und Ai macht er sich auf den Weg und trifft während der Verfolgung auf Jodie, die ebenfalls nach Rena Mizunashi sucht. Rena befindet sich derweil in einer Tiefgarage und plant zusammen mit einigen anderen Mitgliedern der Organisation einen Anschlag auf einen Politiker. Zusammen mit Jodie verhindert Conan den geplanten Anschlag so geschickt, dass die Organisation nur an eine unglückliche Fügung glaubt. Diese greift nun auf den Reserverplan zurück und versucht die Zielperson auf der Brücke "Vane B." zu töten. Da Conan schnell herausfindet, welcher Ort gemeint ist, kann er mit dem FBI den Anschlag erneut vereiteln. Sie umzingeln das Motorrad, auf dem sich angeblich Vermouth befindet. Um dem FBI zu entkommen, flieht die Fahrerin auf das Dach des vorausfahrenden Autos, doch als dieses eine Vollbremsung machen muss, wird sie von dessen Dach geschleudert. Die Fahrerin, die sich als Rena entpuppt, wird verletzt, verliert das Bewusstsein und wird vom FBI in ein Krankenhaus gebracht. Renas Kleidung, die sie zuvor gegen Motorrad-Kleidung ausgetauscht hat, befindet sich jedoch noch in Gins Auto. Dieser entdeckt aufgrund von Störgeräuschen die Wanze, die Conan angebracht hat, verdächtigt Kogoro. In letzter Sekunde kann Conan diesen retten. Shuichis Auftauchen zwingt die Organisation zur Flucht, denn der Scharfschütze hat sich auf einem über 600 Meter entfernten Gebäude auf die Lauer gelegt und zudem die Wanze in Gins Hand - das Beweisstück - mit einem gezielten Schuss zerstört.
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Conan und Shuichi machen einen Spion der Organisation ausfindig, der sich in das Haido-Klinikum eingeschlichen hat und augenscheinlich nach dem vermissten Mitglied Kir sucht. Bei der Verfolgungsjagd begeht dieser Selbstmord, wodurch die Organisation herausfindet, in welchem Krankenhaus sich die Vermisste befindet. Es stellt sich heraus, dass sie sich nicht im Koma liegt. Eisuke sucht im selben Klinikum nach seiner Schwester und findet heraus, dass diese tatsächlich Rena Mizunashi ist. Diese wiederum ist eine Doppelagentin der CIA und spioniert die Verbrecherbande aus. Aus diesem Grund wird sie erneut in die Organisation eingeschleust.
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Kir erhält von Gin den Auftrag, Shuichi Akai zu töten, um ihre Loyalität zu beweisen. Dafür vereinbart sie einen Termin mit ihm und gibt vor, aus der Organisation aussteigen zu wollen. Da sie von Gin mit Waffengewalt gezwungen wird, so zu handeln, bleibt ihr keine andere Wahl. Als sich Kir und Shuichi treffen, erschießt sie ihn, deponiert neben seiner Leiche im Führerhaus dessen Autos eine Bombe und sprengt dieses in die Luft.
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Conan erfährt von Jodie, dass die Organisation ein sehr gefährliches Mitglied auf Ai Haibara angesetzt hat. Der Codename des Mitgliedes lautet Bourbon. Kurz darauf erscheint Subaru Okiya, der sich verdächtig verhält. Trotzdem schlägt Conan vor, dass er in Shinichis Haus wohnen kann, da seine eigene Unterkunft abgebrannt ist. Später sieht man Subaru, der ein Glas Bourbon-Whisky trinkt.