Vorlage:Spoilertab Dieser Artikel umfasst alle wichtigen Geschehnisse zwischen Conan Edogawa und den Mitgliedern der Organisation.

Manga Anime Bild Zusammenfassung
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Shinichi Kudo entdeckt im Freizeitpark mit seiner Freundin Ran, zwei in schwarz gekleidete Männer. Shinichi spioniert ihnen nach und beobachtet sie bei einem Verbrechen. Er wird allerdings von Gin überrascht, der ihn niederschlägt und dann ein Gift gibt, was ihn töten soll. Es tötet ihn aber nicht, sondern verwandelt ihn in einen Grundschüler zurück.
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Shinichi sucht bei Professor Agasa Hilfe. Nachdem er ihn von seiner wahren Identität überzeugt hat, überlegen die beiden, wie es weitergehen soll. Als Ran plötzlich auftaucht, kann Professor Agasa Shinichi unter dem Namen Conan Edogawa bei den Moris einquartieren.
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Nach dem Eine-Milliarde-Yen-Raub stehen sich Gin und Akemi Miyano gegenüber. Diese fordert die Freilassung ihrer Schwester Ai, was Gin jedoch ablehnt, da sie für die Organisation unersetzlich ist. Da Akemi ihm nicht verrät, wo das Geld ist, wird sie erschossen.
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Conan, Ran und Kogoro sind mit dem Zug unterwegs, um die Hochzeitsfeier eines Freundes zu besuchen, als plötzlich Gin und Vodka das Abteil betreten. Conan befestigt eine Wanze in ihrer Nähe, um sie zu belauschen. So bekommt er mit, dass die beiden planen, eine Geschäftspartnerin umzubringen, indem sie diese mitsamt des Zuges in die Luft jagen. Daher steigen die beiden bald wieder aus und ermöglichen es Conan auf diese Weise, ihre Pläne zu vereiteln. Diese Begegnung findet zwar so nur in Manga statt, ist aber insofern von großer Bedeutung, als dass Conan in diesem Zusammenhang die Decknamen der beiden Verbrecher, also Gin und Vodka, herausfindet. Im Anime begegnet Conan zwei Männern, die Gin und Vodka sehr ähnlich sehen und dieselbe Rolle für diesen einen Fall spielen. Es ist also fraglich, woher Conan im Anime die Decknamen der beiden kennt.
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Conan trifft auf Tequila, der eine Liste mit den weltweit führenden Programmieren zusammenstellen soll. Er stirbt bei einer Bomben-Explosion.
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Ai Haibara offenbart sich Conan als ehemaliges Mitglied der Organisation. Sie erzählt Conan, dass sie die Erfinderin des Giftes APTX 4869 ist und von den Männern in Schwarz gefangen genommen wurde, da sie den Grund für die Ermordung ihrer Schwester, Akemi Miyano, wissen wollte. Durch die Verjüngung konnte sie den Fesseln entkommen und gelangte durch den Müllschlucker nach draußen. Professor Agasa fand sie vor seiner Haustür vor. Gin sucht nach ihr.
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Pisco plant einen Anschlag auf den Politiker Shigehiko Nomiguichi. Auch Conan und Ai sind vor Ort, um das Attentat zu verhindern. Nachdem Pisco der Mord gelingt, bringt er Ai in seine Gewalt und sperrt sie im Weinkeller ein. Conan nimmt über sein Detektiv-Abzeichen Kontakt zu ihr auf und bittet sie, den chinesischen Knollwurzelschnaps zu trinken, der er ihr ermöglicht, für kurze Zeit ihre erwachsene Gestalt anzunehmen. Sie kann durch einen Kaminschacht auf das Dach entkommen, doch dort wartet Gin bereits auf sie. Er schießt sie mehrfach an, doch kurz darauf wird er von Conans Narkose-Chronometer getroffen. Gin erkennt die Nadel rechtzeitig und entfernt sie durch einen gezielten Schuss, ist aber abgelenkt, so dass Sherry erneut durch den Schornstein entkommen kann. Im Weinkeller wird sie von Pisco erwartet und verwandelt sich wieder zurück. Pisco will sie töten, doch Conan lenkt ihn ab, indem er - ohne sich zu zeigen - den Mord am Politiker aufdeckt. Pisco schießt bei der Suche nach Conan auf eine Kiste, die mit Flaschen voll Spiritus gefüllt ist. Der Alhohol tritt aus und wird von Piscos Zigarette in Brand gesetzt. Der Raum geht in Flammen auf, so dass Conan mit Ai auf dem Rücken nach entkommen kann, da Pisco abgelenkt ist. Wenig später taucht Gin auf und tötet Pisco, da er bei der Ausführung seines Mordes photographiert worden ist. Außerdem stellt sich heraus, dass Chris Vineyard ebenfalls zur Organisation gehört, wovon Conan aber noch nichts weiß.
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Conan, Professor Agasa und die Detective Boys sind mit dem Bus unterwegs in ein Ski-Gebiet. An einer Haltestelle steigen mehre Personen ein, unter anderem Jodie Saintemillion, Tomoaki Araide - Vermouth in Verkleidung - und shuichi Akai. Jodie und Tomoaki nehmen unmittelbar vor Conan und Ai Platz, die sofort die Anwesenheit eines Organisationsmitglieds spürt und in Panik gerät. Sie bittet Conan daher, mit ihm den Platz zu tauschen, und zieht sich ihre Kapuze tief ins Gesicht, um nicht erkannt zu werden.

Kurz darauf übernehmen Entführer die Kontrolle im Bus und platzieren dort Bomben. Mit den Passagieren als Geiseln wollen sie die Polizeit erpressen, einen ihrer Komplizen aus der Haft zu entlassen, doch Conan gelingt es mit Jodies Hilfe, deren Pläne zu vereiteln. Als der Bus ruckartig stehen bleibt, wird der Zeitzünder der Bomben beschädigt, so dass nicht mehr viel Zeit bleibt, um den Bus zu verlassen. Als alle Fahrgäste den Bus verlassen haben, fällt Conan auf, dass Ai fehlt. Vermouths Anwesenheit hat ihr vor Augen geführt, dass alle Menschen um sie herum in Gefahr sind, solange sie noch lebt. Also entscheidet sie sich dafür, durch die Explosion ums Leben zu kommen, doch Conan kann sie im letzten Augenblick retten. Am Ende des Falles zieht man Shuichi, der in ein Diktiergerät spricht, dass die Zielperson nicht in Erscheinung getreten sei. Es ist nicht näher bekannt, von wem die Rede ist.

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Ran und Shinichi befinden sich in New York, das von einem Serienmörder in Atem gehalten wird. Gemeinsam mit Yukikos Mutter un deren Freundin Sharon Vineyard besuchen sie ein Musical, doch ehe dieses beginnt, verabschiedet sich Sharon schon wieder, da ihr etwas Wichtiges dazwischen gekommen ist. Nach der Aufführung begibt sich Shinichi in ein verlassenes Gebäude, um Ran ein Taschentuch - ein Andenken an Sharon Vineyard - zurückzubringen. Ran, die vor dem Gebäude wartet, trifft auf Shuichi Akai, der ihr rät, zu verschwinden, da der Serienmörder noch immer sein Unwesen treibe. Ran hat Angst um Shinichi und begibt sich ebenfalls in das Gebäude, wo sie dem Mörder in die Arme läuft. Als er das Treppengeländer herunterzustürzen droht, wird er von Ran und Shinichi gerettet. Der Serienmörder richtet unsicher seine Pistole auf Shinichi, doch da deren Schalldämpfer die Treppe herunter gefallen ist und das FBI noch in der Nähe ist, wagt er es nicht zu schießen. Später erfährt man, dass Vermouth sich als der Serienmörder verkleidet hat und Shinichi und Ran die Rettung hoch anrechnet. Siehe auch unter Angel & Cool Guy.
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Conan kommt durch einen Zufall in Besitz des Tagebuches des Programmierers Itakura, der von der Organisation erpresst worden ist, eine Software zu entwickeln, vor der Übergabe aber von einem ehemaligen Freund ermordet wurde. Zusammen mit Professor Agasa liest er sich jeden Eintrag des Tagebuches genau durch und findet einige Hinweise. Da Itakura in seinem Tagebuch schrieb, das er sich beobachtet fühle, besuchen Conan und der Professor sein Haus. Als die beiden seinen Computer anschalten, kommt eine E-Mail rein, die sich nach 10 Sekunden wieder löscht, da das Passwort nicht eingegeben wurde. Kurz darauf ruft Wodka bei Itakura zu Hause an. Conan nimmt ab und ahmt mit dem Stimmen-Transposer Itakuras Stimme nach. Geschickt vereinbart er ein Treffen mit dem Mann in Schwarz an einem verlassenen Bahnhof, um ihm das Programm zu überreichen. Da Conan schon früher am Übergabeort ist, bringt er einen Peilsender in der Verpackung an und hinterlässt es zusammen in einem Schließfach. Als Wodka ankommt und das Programm an sich nimmt, taucht plötzlich auch Gin auf und gleicht Wodkas Fehler wieder aus. Dieser zündete sich nämlich eine Zigarette an, als er auf seinen Handels-Partner wartete und machte das Papier der Verpackung mit bloßen Fingern ab. Auch der Peilsender wird von Gin entfernt. Des Weiteren schließt er darauf, dass der Itakura noch in der Nähe ist. Sie teilen sich auf und suchen alle Schließfächer nach ihm ab. Conan, der das Gespräch mitbekam, versteckt sich derweil in einem Schließfach. Als Gin gerade das richtige Schließfach öffnen will, schloss er es doch wieder, da eine erwachsene Person da nicht reinpassen könnte.
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Am Anfang erhält Shinichi eine Einladung von Vermouth. Conan erkennt, dass es sich dabei um ein Mitglied der Organisation handelt. Mit Hilfe seiner Mutter verkleidet er sich in Ai Haibara. Auf die Party von Vermouth schickt er Heiji, der sich als Shinichi verkleidet. Währenddessen wird Ai, die krank ist, von Jodie Starling abgeholt, die sie in ein Krankenhaus bringt. Eigentlich hatte Vermouth, die sich als Schularzt Dr.Araide verkleidet hat, den Plan sie abzuholen und dann zu töten. Deswegen folgt sie Jodie. Die beiden treffen dann in einem Hafen aufeinander, wo Jodie fast von Vermouth getötet werden kann. Conan demaskiert sich aber und rettet in letzter Sekunde Jodie. Die wirkliche Ai hat sich aber auch in den Hafen begeben und sorgt dafür, dass Conans Plan misslingt. Vermouth ist fast am Ziel. Doch schon wieder wird ihr Plan vereitelt - diesmal von Ran, die sich im Kofferraum aufgehalten hat und sich nun vor Ai wirft. Vermouth möchte Ran nicht töten, weil sie ihr in New York das Leben gerettet hat. In diesem Moment kommt Shuichi Akai dazu, der Ran rettet und Vermouth vertreibt, die aber Conan als Geisel mitnehmen kann. Dieser zeichnet jedoch alles auf weswegen Vermouth das Aufnahmegerät zerstört und flüchtet. Sie schützt aber Conan, da sie in ihn die Silberne Kugel sieht.
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Die Nachrichtensprecherin Rena Mizunashi beauftragt Kogoro Mori, da sich bei ihr neuerdings Klingelstreiche ereignen. Nachdem der Fall gelöst wurde, gelangt Conans Wanze, die er anbrachte, um die Person, die die Klingelstreiche tätigt, zu hören, unter Rena Mizunashis Schuh. Plötzlich hört Conan, wie sie ihr Handy einschaltet und dort eine E-Mail-Adresse eingibt, die wie das Kinderlied "Nanatsu no Ko" klingt. Wenig später erhält sie einen Anruf von Gin. Conan hat damit ein neues Mitglied der Organisation ausfindig gemacht und setzt nun alles daran, die Wanze unter dem Schuh zu entfernen, damit Kogoro nicht unter Tatverdacht gerät. Zusammen mit dem Professor und Ai macht er sich auf den Weg und trifft während der Verfolgung auf Jodie, die ebenfalls nach Rena Mizunashi suchte. Rena Mizunashi ist derweil in einer Tiefgarage und plant zusammen mit einigen anderen Mitgliedern einen Anschlag auf einen Politiker. Zusammen mit Jodie verhindert er den geplanten Anschlag auf den berühmten Politiker geschickt. Die Organisation stellt ihre Machenschaften ein und versucht die Zielperson nun auf der Brücke "Vane B." zu stoppen. Doch auch dieses Rätsel stellt Conan vor kein Problem und ist mit dem FBI vor Ort. Sie umzingeln das Motorrad, auf dem sich Vermouth befinden sollte. Diese fährt auf eines der umliegenden Autos, fällt jedoch hinunter und kommt zum Stehen. Unter dem Helm verbirgt sich jedoch Rena Mizunashi und nicht, wie angenommen, Vermouth. Das FBI befördert die Agentin in ein Krankenhaus, um sie zu genesen. Rena Mizunashis Kleidung befindet sich jedoch noch in Gins Kofferraum, da sie sich zuvor umzog. Dieser entdeckt aufgrund von Störgeräuschen die Wanze, die Conan anbrachte und der Verdacht fällt auf Kogoro Mori. In letzter Sekunde kann Conan diesen retten und Shuichi zerstört von einem Hochhaus aus 600 Metern Entfernung das letzte Beweismittel in Gins Hand.
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Conan und Akai machen einen Spion der Organisation, der sich im Haido-Klinikum eingeschlichen hat ausfindig. Bei der Verfolgungsjagd begeht dieser Selbstmord, wodurch die Organisation herausfindet, in welchem Krankenhaus sich Kir (Rena Mizunashi) befindet. Man erkennt ,dass sie sich gar nicht im Koma liegt. Hondo Eisuke sucht im selben Klinikum nach seiner Schwester. Es stellt sich heraus, dass sie der CIA angehört. Sie gelangt wieder in die Organisation.
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Kir erhält, um ihre Loyalität zu beweisen, von Gin den Auftrag Shuichi Akai zu töten. Dafür vereinbart sie einen Termin mit ihm, wofür sie angibt, dass sie aus der Organisation aussteigen möchte, was aber eine Lüge ist, da sie von Gin dazu gezwungen wird. Als sich Kir und Akai treffen, erschießt sie ihn gnadenlos und verbrennt ihn und sein Auto.
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Conan erfährt von Jodie, dass die Organisation ein sehr gefährliches Mitglied auf Ai Haibara angesetzt hat. Der Codename des Mitgliedes ist Bourbon. Kurz darauf erscheint Subaru Okiya, der sehr verdächtig auftritt und am Ende ein Glas in Shinichis Haus, wo er ab jetzt wohnt, Bourbon trinkt.