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Shinichi Kudo entdeckt im Freizeitpark mit seiner Freundin Ran, zwei in schwarz gekleidete Männer. Shinichi spioniert ihnen nach und beobachtet sie bei einem Verbrechen. Er wird allerdings von Gin überrascht, der ihn niederschlägt und dann ein Gift gibt, was ihn töten soll. Es tötet ihn aber nicht, sondern verwandelt ihn in einen Grundschüler zurück.
Shinichi sucht bei Professor Agasa Hilfe. Nachdem er ihn von seiner wahren Identität überzeugt hat, überlegen die beiden, wie es weitergehen soll. Als Ran plötzlich auftaucht, kann Professor Agasa Shinichi unter dem Namen Conan Edogawa bei den Moris einquartieren.
Nach dem Eine-Milliarde-Yen-Raub stehen sich Gin und Akemi Miyano gegenüber. Diese fordert die Freilassung ihrer Schwester Ai, was Gin jedoch ablehnt, da sie für die Organisation unersetzlich ist. Da Akemi ihm nicht verrät, wo das Geld ist, wird sie erschossen.
Ai Haibara offenbart sich Conan als ehemaliges Mitglied der Organisation. Sie erzählt Conan, dass sie die Erfinderin des Giftes APTX 4869 ist und von den Männern in Schwarz gefangen genommen wurde, da sie den Grund für die Ermordung ihrer Schwester, Akemi Miyano, wissen wollte. Durch die Verjüngung konnte sie den Fesseln entkommen und gelangte durch den Müllschlucker nach draußen. Professor Agasa fand sie vor seiner Haustür vor. Gin sucht nach ihr.
Pisco plant einen Anschlag auf den Politiker Shigehiko Nomiguichi. Auch Conan und Ai sind vor Ort, um das Attentat zu verhindern. Nachdem Pisco der Mord gelingt, bringt er Ai in seine Gewalt und sperrt sie im Weinkeller ein. Conan nimmt über sein Detektiv-Abzeichen Kontakt zu ihr auf und veranlasst, dass sie den chinesischen knollwurzelschnaps trinkt, der sie in Sherry zurückverwandelt. Sie kann durch den Schornstein des Kamins nach oben entkommen, doch dort wartet Gin bereits auf sie. Er schießt Ai in den Arm, doch kurz darauf wird er von Conans Narkose-Chronometer außer Gefecht gesetzt. Sherry flüchtet den Kamin-Schacht wieder nach unten, wo sie sich vor Piscos Augen wieder in Ai haibara verwandelt. Pisco will sie töten, doch Conan deckt, ohne sich zu zeigen, den Mord an dem Politiker auf und Pisco schießt bei der Suche nach Conan auf Spiritus. Der Raum geht in Flammen auf und Conan entkommt mit Ai auf dem Rücken nach draußen. Wenig später taucht Gin auf und tötet Pisco, da er den Anweisungen des Bosses nicht folgte.
Ran und Shinichi befinden sich in New York, als gerade ein Serienmörder unterwegs ist. Shinichi begibt sich in ein verlassenes Gebäude, um Ran ein Andenken an Sharon Vineyard zurückzubringen. Ran trifft auf Shuichi Akai, der ihr rät, zu verschwinden. Ran hat Angst um Shinichi und begibt sich ebenfalls in das Gebäude, wo sie auf den Mörder trifft, der gerade mit Shinichi kämpft. Als er das Treppengeländer herunterzustürzen droht, wird er von Ran und Shinichi gerettet. Der Serienmörder hat es daraufhin auf Shinichi abgesehen, doch da seine Pistole keinen Schalldämpfer hat und die Verfolger in der Nähe sind, kann Shinichi ihm davon abhalten, zu schießen. Später erfährt man, dass Vermouth sich als der Serienmörder verkleidete.
Kapitel 016
Nach dem Eine-Milliarde-Yen-Raub stehen sich Gin und Akemi Miyano gegenüber. Diese fordert die Freilassung ihrer Schwester Ai, was Gin jedoch ablehnt, da sie für die Organisation unersetzlich ist. Da Akemi ihm nicht verrät, wo das Geld ist, wird sie erschossen.
Kapitel 114
Kapitel 177
Gin eröffnet die Suche nach Ai.
Kapitel 178 und 179
Ai offenbart sich Conan als Mitglied der Organisation. Sie erzählt Conan, dass sie die Erfinderin des Giftes APTX 4869 ist und von den Männern in Schwarz gefangen genommen wurde, da sie den Grund für die Ermordung ihrer Schwester wissen wollte. Durch die Verjüngung konnte sie den Fesseln entkommen und gelangte durch den Müllschlucker nach draußen. Professor Agasa fand sie vor seiner Haustür vor.
Kapitel 238
Ai träumt von einem Wiedersehen mit der Organisation. Am nächsten Tag sehen Conan und Ai einen Porsche 356A, der Gin gehört. Conan bringt im Inneren eine Wanze an, die später jedoch von Gin entdeckt und entfernt wird. Er findet ebenfalls ein rotblondes Haar und freut sich auf ein Wiedersehen mit Sherry.
Kapitel 239-242
Pisco plant einen Anschlag auf den Politiker Shigehiko Nomiguichi. Auch Conan und Ai sind vor Ort, um das Attentat zu verhindern. Nachdem Pisco der Mord gelingt, bringt er Ai in seine Gewalt und sperrt sie im Weinkeller ein. Conan nimmt über sein Detektiv-Abzeichen Kontakt zu ihr auf und veranlasst, dass sie den chinesischen knollwurzelschnaps trinkt, der sie in Sherry zurückverwandelt. Sie kann durch den Schornstein des Kamins nach oben entkommen, doch dort wartet Gin bereits auf sie. Er schießt Ai in den Arm, doch kurz darauf wird er von Conans Narkose-Chronometer außer Gefecht gesetzt. Sherry flüchtet den Kamin-Schacht wieder nach unten, wo sie sich vor Piscos Augen wieder in Ai haibara verwandelt. Pisco will sie töten, doch Conan deckt, ohne sich zu zeigen, den Mord an dem Politiker auf und Pisco schießt bei der Suche nach Conan auf Spiritus. Der Raum geht in Flammen auf und Conan entkommt mit Ai auf dem Rücken nach draußen. Wenig später taucht Gin auf und tötet Pisco, da er den Anweisungen des Bosses nicht folgte.
Kapitel 432
Vermouth nimmt Dr. Araides Identität an, um Informationen über das Handeln des FBI zu erhalten. Dabei stiehlt sie Akten zu allen Fällen Kogoro Moris aus dem Polizei-Präsidium.
Kapitel 287
Shuichi Akai und Jodie Saint-Emilion kommen in Japan an. Jodie tarnt sich dabei als Englisch-Lehrerin. Shuichi versucht derweil, Näheres über die Organisation zu erfahren.
Kapitel 325-327
James Black tritt das erste Mal in Erscheinung. Dabei wird er mit Randy Hawk verwechselt und entführt. Conan und die Detective Boys nehmen die Verfolgung auf. Auch Shuichi Akai ist mit von der Partie. Als sie ihn befreien, erzählt James Shuichi, dass er ihn Japan ist, um seine Geliebte wiederzusehen.
Kapitel 380-381
Ran trifft zusammen mit Conan auf Shuichi Akai. Ran und Shuichi scheinen sich zu kennen und sie tauschen ein paar Worte aus. Conan kann sich jedoch nicht erinnern, den Mann je zuvor gesehen zu haben. Nachdem Shuichi davongeht, erzählt Ran von dem Vorfall damals in New York, als sie Shuichi das erste Mal traf. Er war dort mit einen Mann zusammen, der die Aufschrift "FBI" auf seiner Jacke hatte. Conan fragt sich, was das FBI in Japan macht und glaubt, dass Shuichi der Organisation angehört.
Kapitel 481
Conan kommt durch einen Zufall in Besitz von Itakuras Tagebuch, einer Person, die früher mit der Organisation kooperierte und ein Programm für sie schrieb, bei einem Mordfall jedoch verstarb. Zusammen mit Professor Agasa liest er sich jeden Eintrag des Tagebuchtes genau durch und findet einige Hinweise. Da Itakura in seinem Tagebuch schrieb, das er sich beobachtet fühle, besuchen Conan und der Professor sein Haus. Als die beiden seinen Computer anschalten, kommt eine E-Mail rein, die sich nach 10 Sekunden wieder löscht, da das Passwort nicht eingegeben wurde. Kurz darauf ruft Wodka bei Itakura zu Hause an. Conan nimmt ab und ahmt mit dem Stimm-Transposer Itakuras Stimme nach. Geschickt vereinbart er ein Treffen mit dem Mann in Schwarz an einem verlassenen Bahnhof, um ihm das Programm zu überreichen. Da Conan schon früher am Übergabe-ort ist, bringt er einen Peilsender in der Verpackung an und hinterlässt es zusammen in einem Schließfach. Als Wodka ankommt und das Programm an sich nimmt, taucht plötzlich auch Gin auf und gleicht Wodkas Fehler wieder aus. Dieser zündete sich nämlich eine Zigarette an, als er auf seinen Handels-Partner wartete und machte das Papier der Verpackung mit blosen Fingern ab. Auch der Peilsender wird von Gin entfernt. Des Weiteren schließt er darauf, dass der Itakura noch in der Nähe ist. Sie teilen sich auf und suchen alle Schließfächer nach ihm ab. Conan, der das Gespräch mitbekam, versteckt sich derweil in einem Schließfach. Als Gin gerade das richtige Schließfach öffnen will, schließ er es doch wieder, da eine erwachsene Person da nicht reinpassen könnte.
Kppitel 499-504
Die Nachrichtensprecherin Rena Mizunashi beauftragt Kogoro Mori, da sich bei ihr neuerdings Klingelstreiche ereignen. nachdem der Fall gelöst wurde, gelangt Conans Wanze, die er anbrachte, um die Person, die die Klingelstreiche tätigt, zu hören, unter Rena Mizunashis Schuh. Plötzlich hört Conan, wie sie ihr Handy einschaltet und dort eine E-Mail-Adresse eingibt, die wie das Kinderlied "Nanatsu no Ko" klingt. Sie schickt der Adresse eine E-Mail. Wenig später erhält sie einen Anruf von Gin. Conan hat damit ein neues Mitglied der Organisation ausfiundig gemacht und setzt nun alles daran, die Wanze unter dem Schuh zu entfernen, damit Kogoro nicht unter Tatverdacht gerät. Zusammen mit dem Professor und Ai macht er sich auf den Weg und trifft während der Verfolgung auf Jodie, die ebenfalls nach Rena Mizunashi suchte, da sie in letzter Zeit ziemlich häufig bei Dr. Araide alias Vermouth zu Besuch war. Rena Mizunashi ist derweil in einer Tiefgarage und plant zusammen mit einigen anderen Mitgliedern einen Anschlag auf "DJ" in "Eddy P". Conan kommt hinter das Rätsel der zwei Namen und zusammen mit Jodie verhindert er den geplanten Anschlag auf den berühmten Politiker geschickt. Die Organisation stellt ihre Machenschaften ein und versucht die Zielperson nun auf der Brücke "Vane B." zu stoppen. Doch auch dieses Rätsel stellt Conan vor kein Problem und ist mit dem FBI vor Ort. Sie umzingeln das Mottorrad, auf dem sich Vermouth befinden sollte. Diese fährt auf eines der umliegenden Autos, fällt jedoch hinunter und kommt zum Stehen. Unter dem Helm verbirgt sich jedoch Rena Mizunashi und nicht, wie angenommen, Vermouth. Das FBI befördert die Agentin in ein Krankenhaus, um sie zu genesen. Rena Mizunashis Kleidung befindet sich jedoch noch in Gins Kofferraum, da sie sich zuvor umzog. Dieser entdeckt aufgrund von Störgeräuschen die Wanze, die Conan anbrachte und der Verdacht fällt auf Kogoro Mori. In letzter Sekunde kann Conan diesen retten und Shuichi zerstört von einem Hochhaus aus 600 metern Entfernung das letzte Beweismittel in Gins Hand.
Kapitel 550
Shuichi, James und Jodie beraten über Rena Mizunashi, die nach wie vor im Koma im Haido-Klinikum liegt.
Kapitel 552
Eisuke Hondo versucht geschickt, Informationen über Rena Mizunashi von Kogoro Mori zu erhalten, da dieser zuletzt bei ihr zu Besuch war. Conan denkt, dass Eisuke der Organisation angehört und Rena Mizunashi befreien will.
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Kapitel 598-609
Conan und Akai machen einen Spion der Organisation, der sich im Haido-Klinikum eingeschlichen hat ausfindig. Bei der Verfolgungsjagd begeht dieser Selbstmord, wodurch die Organisation herausfindet, in welchem Krankenhaus sich Kir befindet. Man erkennt ,dass sie sich garnicht im Koma liegt. Hondo Eisuke sucht im selben Klinikum nach seiner Schwester. Es steltl sich heraus, dass sie der CIA angehört. Sie gelangt wieder in die Organisation. Shuichi Akai wird von ihr getötet.
