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Conan und Ran werden von Kazuha und Heiji zu einer Sightseeing-Tour in Osaka eingeladen. Währenddessen treffen sie die Schüler Mayumi, Kenta und Mikihiko. Diese sehen den Detective BoysAyumi, Genta und Conan und die anderen treffen die ErstklässlerMitsuhiko sehr ähnlich und beauftragen nun den bekannten Detektiv Heiji nach ihren Freund Satoshi zu suchen, den sie vermissen, da er nicht zu einer Verabredung erschienen ist. Ran und Conan sind sofort bereit ihre Sightseeing-Tour aufzugeben, um Satoshi zu finden.
Laut Mayumi ist Satoshi an einem geheimen glücklichen Ort, der einem aber auch zum Weinen bringen kann. Desweiteren hat Satoshi verraten, dass es ein Ort ist, an dem der Zug der roten Linie die Hand des T-Rex trifft. Also entscheiden sich Heiji und Conan zusammen mit Ran, Kazuha, Mikihiko, Mayumi und Kenta mit dem Zug zu fahren und nach einem T-Rex Ausschau zu halten. Doch stattdessen finden sie etwas anderes. Kommissar Otaki steht mit seinem Männern bei einem Auto, das vermutlich zu einem Verbrecherpaar gehört. In diesem Auto finden sie eine Haarnadel, die genauso aussieht wie die, die Mayumi von Satoshi erhalten hat. Der Verdacht liegt nahe, dass Satoshi bei den Verbrechern ist, was sich auch mit einer kurzen Szene bestätigt, bei der die beiden Bankräuber beschließen, Satoshi, der gefesselt in einem Nebenraum ihres Verstecks liegt, umzubringen.
Heiji, Kazuha, Conan, Ran, Otaki und die drei Kinder wollen währendessen Satoshis Eltern besuchen gehen. Doch vor dem neuen Haus finden sie nur ein paar vertrocknete Pflanzen vor. Dann meinen die drei Kinder, dass Satoshi nicht an die gleiche Schule wie sie gehen würde. Mayumi und co. treffen Satoshi zum ersten Mal Auch erzählen sie, dass sie Satoshi das erste Mal getroffen haben, als sie zum Angeln gehen wollten. Damals schaute er verträumt die Wolken am Himmel an. Nach dieser Geschichte beschließt Heiji, wieder mit dem Zug nach Satoshis geheimen Ort zu suchen, sodass sie Otaki allein vor dem Haus zurücklassen.
Nach einer Weile geben sie allerdings das Suchen per Zug auf und teilen sich auf, um zu Fuß zu suchen. Als sie alle wieder zusammenkommen, ohne den geheimen Ort gefunden zu haben, erzählt Heiji, dass Otaki ihn angerufen habe. Er meinte Satoshi und seine Eltern seien erst neulich umgezogen. Mayumi, Kenta und Mikihiko ergänzen, dass Sotoshi sehr traurig über den Umzug und die häufigen Streitereien seiner Eltern sei. Plötzlich fällt Kenta ein, dass er ein Dinosaurierskelett in einem Museum in Nagai gesehen habe.
Sofort machen sich Heiji und die anderen zu dem Museum auf, doch auch dort ist keine Spur von Satoshi. Als Heiji nach dem Museumsbesuch sein Zugplan herunter fällt, erkennt Conan die Lösung um den geheimen Ort. Die äußeren Bahnlinien ergeben die Silouette eines T-Rexs. Gleich danach fahren alle zur Haltestelle Nakamozu, die vorderste Haltestelle der Hand des Dinosauriers. Heiji erzählt, dass er Otaki angerufen hat. Dieser solle Satoshis Vater fragen, ob sich etwas besonderes bei Nakamozu befindet. Conan hakt bei Kenta nach, warum er an Sotoshis Haus meinte, dass es komisch sei, dass nur ein Schloss an der Tür sei. Dieser antwortet darauf, dass Satoshi immer zwei Schlüssel bei sich habe und er so davon ausging, dass die Tür zwei Schlösser habe. Nun haben Conan und Heiji eine Idee, was der geheime Ort sein könnte.
Als Otaki Heiji anruft und er ihm erzählen will, was es mit Nakamozu auf sich hat, kommt ihm Heiji zuvor. Er meint, dass Satoshi und seine Eltern früher in Nagai gelebt haben. Otaki stimmt dem zu und verrät Heiji die genaue Adresse.
Conan und Heiji überführen die Täter Mittlerweile ist es dunkel geworden. Die zwei Verbrecher wollen Satoshi gerade in ihr Auto verladen, um in die Berge zu fahren und ihn dort umzubringen, als Heiji und Conan auftauchen. Sie setzen den Mann außer Gefecht, der mit seiner Pistole auf sie schießen wollte. Ran und Kazuha verhindern dann die Flucht der Frau. Danach befreien Mayumi, Kenta und Mikihiko ihren Freund Satoshi.
Mayumi, Kenta und Mikihiko befreien ihren Freund Satoshi Kurz darauf kommt auch schon die Polizei und verhaftet die beiden Verbrecher. In Satoshis Haus spielen derweil die vier Freunde Satoshis früheres Leben nach. Als die Eltern das sehen, beginnen auch sie sich nach den alten Leben zu sehnen und wollen sich nun wieder besser um ihren Sohn kümmern.
Ein paar Tage später erzählt Heiji die ganze Geschichte einem Restaurantbesitzer, bei dem er gerade isst. Er meint, dass er Ran und Conan eigentlich noch zum Essen einladen wollte es aber vergessen habe.
In Tokio hat Conan Ayumi, Genta und Mitsuhiko Geschenke mitgebracht. Als er diese verteilt, nennt er die drei aus Versehen Mayumi, Kenta und Mikihiko.
