Misao Nakamura engagiert Kogoro in einem Brief, einige mysteriöse Geschehnisse in seinem Haus zu untersuchen. Am Haus angekommen, werden Kogoro, Ran und Conan von ihm und seinem älteren Bruder hereingebeten. Der frühere Besitzer Monjiro Izubuchi, sein verstorbener Großvater, war Uhrmacher und sein Haus ist voller Uhren und Tierfiguren. Doch auf manchen Uhren sind Kratzer und bei einer fehlt oben etwas und sie hat auch keine Tierfigur.
Als Nakamura Kaffee hereinbringt, lässt er das Tablett wegen seines bandagierten Armes fallen. Während Ran die Tassen einsammelt, bemerkt Conan, dass nur eine Tasse nicht mit Tieren verziert ist und außerdem am Henkel auch einen Kratzer hat. Nach den mysteriösen Geschehnissen gefragt, zeigt Nakamura ihnen die Kuckucksuhr in der Bibliothek. Während sie auf die richtige Zeit warten, bemerkt Conan ein Loch in der Wand und dass der Video Timer an ist. Um 11 Uhr läuten alle Uhren im Haus gleichzeitig mit unterschiedlichen Geräuschen.
