Die Detective Boys, außer Ai, sitzen in der Schulbibliothek und suchen sich dort Bücher für eine Buchvorstellung aus. Dabei fällt Ayumi auf, dass aus ihrem Buch eine Seite herausgerissen wurde. Sie bittet Conan, ihr dabei zu helfen, die Seite wiederzufinden. Zunächst suchen sie den Jungen namens Tsukasa Naito, der das Buch zuletzt ausgeliehen hatte, doch er ist nicht da. Allerdings kennt ein Mädchen das Buch, das Ayumi in ihren Händen hält. Es geht um eine Schildkröte, die Zauberkraft erlangt, wenn sie einen magischen Stein bekommt und dann Wünsche erfüllen kann. Mitsuhiko und Genta sind in der Zwischenzeit im Flur unterwegs, wo Genta von einem Mann angerempelt wird. Dann erfahren die beiden, dass ein wertvoller Stein aus der Schule gestohlen wurde. Genta hält den Mann für den Täter und die beiden Jungen beschließen ihm zu folgen.
Nach einer Weile haben sie den Fremden zwar eingeholt, verlieren ihn dann aber wieder aus den Augen. Später kommt der Mann aus einem Restaurant und läuft auf die beiden zu. Mitsuhiko und Genta erschrecken sich zunächst, da sie denken, er würde ihnen etwas antun wollen. Inzwischen haben auch Conan und Ayumi die Wohnung des verschwundenen Jungen entdeckt. Es stellt sich heraus, dass der Mann der Vater von Tsukasa ist, und Mitsuhiko und Genta bei ihm im Restaurant essen. Die Detective Boys beschließen daraufhin, dass sie sich in Tsukasas Zimmer umsehen wollen. Dort finden sie auch heraus, dass er vermutlich an einem Strand ist, an welchem er viel Zeit mit seiner inzwischen verstorbenen Mutter verbracht hatte. Zudem entdecken sie auch einen Geheimcode, der den Weg zu diesem Strand weist.
Der Geheimcode beinhaltet als Rätsel Krabben und Raupen. Das erste Rätsel kann Mitsuhiko lösen. Die Krabben beziehen sich auf rote Züge, mit denen man zum Strand fahren kann. Am Ende der Zuglinie kann Conan das zweite Rätsel lösen. Die Raupen beziehen sich auf Busse, mit denen man zum Strand kommt. In der Zwischenzeit erfährt auch der Vater, wo sich sein Sohn aufhält, durch eine Nachricht, die er ihm geschrieben hat. Schnell fährt er ebenfalls zum Strand.
Conan und Ayumi finden den vermissten Jungen als erstes. Sie stellen fest, dass dieser mit dem Stein wirklich einen Wunsch erfüllt bekommen wollte. Er wollte seine Mutter wieder sehen. Conan merkt an, dass es wohl keine böse Absicht von ihm war, das Buch zu beschädigen und den Stein zu stehlen. Er hebt auch lobend hervor, dass sie den Jungen nur dank Mitsuhikos Schlussfolgerungen so schnell entdecken konnten. Dann schmiegt sich Ayumi eng an Conan und Mitsuhiko und Genta treffen ebenfalls ein. Zuletzt kommt auch Tsukasas Vater, der seinen Sohn umarmt, und lädt die Detective Boys zum Essen ein.
Am Ende entschuldigt sich Tsukasa bei seiner Klassenlehrerin, dass er den Stein gestohlen hat. Da er den Mut hatte seinen Fehler zuzugeben, verzeiht sie ihm sofort.
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