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Das Polizeiteam um Kommissar Nakamori bewacht einen 300-Millionen-Yen wertvollen Diamanten des Juwelier Ono. Mit einem Mal erscheint der Meisterdieb 1412 und stiehlt den Diamanten vor den Augen der Polizisten und flieht. Die Beamten nehmen sofort die Verfolgung auf, doch Kid schafft es, diese zu täuschen. Einzig der Kommissar fällt nicht auf den Trick herein. Doch der Magier in dem weißen Umhang hat noch weitere Zauber zur Hand und lässt seinen Körper unsichtbar werden. Wie ein Geist schwebt er an dem erschrockenen Nakamori vorbei und entkommt letztendlich.
Am nächsten Morgen wird überall in den Nachrichten von dem Raub des Diamanten und der Rückkehr Kids, nach mehr als acht Jahren Pause, berichtet. Auch an der Ekota Oberschule ist der Meisterdieb in aller Munde. Die Oberschülerin Aoko Nakamori hat jedoch schon bald andere Sorgen, als ihr Klassenkamerad und Freund aus Kindheitstagen, Kaito Kuroba das Klassenzimmer betritt. Er macht sich einen Spaß daraus, ihr nach der Unterwäsche zu schauen. Aoko hingegen ist davon nicht sehr angetan und jagt ihren Mitschüler mit einem Besen quer durch das Klassenzimmer. Auch nach Unterrichtsbeginn sind die beiden nicht zu stoppen. Schließlich bekommt Aoko Kaito bei seinem Stolz zu fassen, indem sie behauptet, die Zaubertricks von Kaito seien nicht vergleichbar mit denen des Meisterdiebes.
Nachdem Kaito am Abend von der Schule heimgekehrt ist, telefoniert er mit seiner Mutter über das Internet. Diese ist offenbar in den Vereinigten Staaten. Sie erzählt ihm von einer Zaubershow, die sie vor kurzen gesehen hat und Kaito muss an seinen Vater denken, der in Japan ebenfalls ein bekannter Magier gewesen ist. er hat noch ein riesiges Wandbild, dass einmal als Werbeplakat für die Auftritte seines Vaters gedient hat, an der Wand in seinem Zimmer hängen. Als der das Bild berührt und sich gegen die Wand lehnt, öffnet sich mit einem Mal ein geheimer Zugang. er führt den Oberschüler in einen geheimen Raum seines verstorbenen Vaters. Dieser Raum ist gleichzeitig auch das Versteck des berühmten Meisterdieb 1412 gewesen.
Kommissar Nakamori unterrichtet derweil sein Team über den Meisterdieb Kaito in der Minato Polizeistation. Als in den Nachrichten eine weitere Ankündigung Kids bekannt gegeben wird. Dieser will am darauf folgenden Abend, um Punkt 23:54 Uhr, einen weiteren wertvollen Diamanten, diesmal aus dem Tokioter Stadtmuseum, stehlen. Die Polizei bereitet sich erneut vor und auch die Medien sind diesmal live vor Ort. Kaito sieht einen der Berichte im Fernsehen und erfährt dabei, dass Kid vor genau acht Jahren verschwunden ist. Zur selben Zeit also, als auch Kaitos Vater Toichi verstarb. In dem Oberschüler regt sich der leise Verdacht, sein Vater selbst könnte der Meisterdieb gewesen sein. Daraufhin legt Kaito eines der Kostüme aus dem Geheimraum an und macht sich als Kaito Kid auf den Weg zum Stadtmuseum.
Pünktlich 23:54 Uhr gehen im Stadtmuseum die Lichter aus und Kid erscheint. Wieder stiehlt er den Diamanten vor den Augen er Polizei und flieht. Er entkommt schließlich aus dem Museum mit einem gewagten Sprung aus einem der oberen Stockwerke und die Beamten sehen den Meisterdieb davon fliegen. Sofort ordnet Kommissar Nakamori die Verfolgung an. Als die Beamten den fliegenden Kid auch zu fassen bekommen, stellen sie fest, dass sie nur einer Ballonpuppe nachgejagt sind. Während der Kommissar noch überlegt, wohin Kid tatsächlich entkommen sein kann, klettert dieser auf das Dach des Museums. Dort trifft er auf Kaito, der ebenfalls als Kid verkleidet ist. Kid versucht Kaito mit seinem Geistertrick zu verwirren, doch der Nachwuchsmagier durchschaut den Trick sofort. Er enttarnt Kid, der sich als der ehemalige Assistent von Toichi Kuroba entpuppt. Der Alte Jii erkennt in Kaito zunächst seinen Meister selbst und ist überglücklich, das Toichi noch lebt. Er gibt zu, sich nur als Kid verkleidet zu haben, da er den vermeintlichen Mörder Toichis heraus locken und stellen wollte. Als Kaito hört, sein Vater soll vor acht Jahren bei einer seiner Zaubershows ermordet worden sein, ist er entsetzt. Erst jetzt erkennt der Alte Jii, dass nicht sein Meister Toichi, sondern dessen Sohn vor ihm steht. Auch Kaito erkennt den Assistenten seines Vaters wieder. Nachdem er erfährt, das sein Vater der Meisterdieb 1412 gewesen ist, bittet er den Alten zu fliehen. Kaito selbst wird zukünftig das Erbe Kids antreten.
Für Kommissar Nakamori steht fest, dass Kid versuchen wird, über das Dach des Museums zu fliehen. Als er, unterstützt von mehreren Beamten, auf dem Dach ankommt, steht Kid am Rand und springt. Nur sein Kostüm bleibt zurück.
Am nächsten Tag, auf dem Heimweg von der Schule, bewundert Kaito den gestohlenen Diamanten. Aoko findet ihn und hat eine kleine Überraschung für ihn. Sie zeigt ihm einen riesigen Fisch, den sie am Abend von ihrem Vater zubereiten lassen will. Kaito, der Angst vor Fischen hat, springt erschrocken auf und lässt den Diamanten mitten in das offene Fischmaul fallen. Als Kommissar Nakamori später am Abend den Fisch von Aoko aufschneidet, findet er den gestohlenen Stein.
