Schwarze Organisation
Die Organisation ist eine Verbrechergemeinschaft, deren Ziele noch unbekannt sind. Sie sind skrupellos und schrecken vor nichts zurück. Haben sie ein Ziel vor Augen, setzen sie alles daran, es zu verwirklichen. Alle Mitglieder der Organisation haben Alkoholsorten als Decknamen und sind immer schwarz gekleidet. Während die männlichen Mitglieder Namen von hochprozentigen Getränken tragen, werden die weiblichen nach Weinen oder Weinmischgetränken benannt.
Mitglieder
Boss (Anokata)
Über den Anführer der schwarzen Organisation ist nur wenig bekannt. Die Mitglieder kontaktieren ihn immer per SMS. Wenn sie über ihn sprechen, benutzen sie das Wort "Anokata" (jap. höfliche Form von "Er") Seine Nummer lässt beim Eintippen (bei angeschalteten Tastentönen) die Melodie eines bekannten japanischen Kinderliedes ertönen.
Gin
Gin ist dem Anführer der Organisation direkt unterstellt. Sein Scharfsinn und seine Intelligenz machen ihn zum gefährlichsten Mitglied. Er verabreichte auch Shinichi das Gift, welches ihn schrumpfen ließ. Er tötete schon, Pisco, Akemi Miyano, Atsushi Miyano und einmal wollte er schon Wodka und Vermouth töten.
Wodka
Wodka scheint ein Untergebener Gins zu sein. Er spricht ihn mit Boss an und behandelt ihn auch so. Er ist nicht besonders gebildet und begeht oft Fehler, die Gin aber noch gerade so vereiteln kann. Einmal wollte Gin ihn deswegen sogar erschießen. Er bezeichnet Gin als "Aniki" (Großer Bruder).
Vermouth
Vermouth ist eine Lieblingsagentin vom großen Boss und sie genießt daher auch Freiheiten und einen besonderen Schutz innerhalb der Organisation. Sie gilt als Spezialistin in Sachen Infiltration, Tarnung und Meuchelmord.
Chianti
Chianti ist eine Auftragskillerin und Scharfschützin der Organisation. Sie hasst Vermouth und möchte nicht mit ihr zusammenarbeiten. Ein Grund dafür ist, dass Calvados von ihr ausgenutzt wurde, obwohl er sie geliebt hat. Eine Vermutung könnte sein, dass Chianti und Calvados befreundet waren, da er ebenfalls wie Chianti ein Scharfschütze war. Ihr Markenzeichen ist ein merkwürdiges Tatoo unter ihrem linken Auge.
Korn
Korn ist genau wie Chianti ein Scharfschütze. Er hasst Vermouth auch dafür, dass Calvados sein Leben lassen musste. Er scheint manchmal etwas ungeduldig zu sein, wenn er sich zum schießen bereit macht. Er hat einen eiskalten Blick und trägt eine merkwürdige Brille.
Ausgetretene Mitglieder
Sherry
Sherry war eine Laborforscherin der Organisation und hat das Gift APTX4869 erfunden, dass der Organisation helfen soll, ein "perfektes Verbrechen" zu begehen. Da sich Sherry weigerte, die Forschungsarbeit ihrer Eltern weiter zu führen, sperrte man sie in einen alten Heizungskeller, bis man wüsste, wie sie zu beseitigen wäre. Dabei nahm sie das Gift selber ein, aber anstatt einen schnellen Tod zu finden, schrumpfte sie zu einer Grundschülerin. Sie entkam dem Keller und lebt fortan bei Professor Agasa mit dem Namen Ai Haibara.
Verstorbene Mitglieder
Pisco
Pisco war ein Mitglied der Organisation er war damit beauftragt worden Shigehiko Nomiguchu zu ermorden was´ihm auch gelang. Dazu fand er noch herraus das Ai Sherry ist und sperrte sie im Weinkeller ein. Am ende des Falles wurde er von Gin ermordet weil die Polizei (mit Hilfe von Shinichi) heraus gefunden hatte das Pisco der Mörder war.
Akemi Miyano
Akemi war die Schwester von Ai und gehörte ebenfalls wie sie der Organisation an. Sie war Mittäterin bei dem 20 Millionen Yen Raub und sollte es der Organisation ausliefern. Mit diesem aber erpresste sie Gin und wollte dafür das die Organisation ihre Schwester aus der austreten lässt. Darauf lässt sich Gin nicht ein und erschießt sie kaltblütig.
Atsushi Miyano und Elena Miyano
Die beiden sind die wahren Erfinder des Giftes APTX4869 bevor ihre Tochter Shiho die Arbeit ihrer Eltern weiterführte. Sie sind angeblich durch einen Autounfall ums Leben gekommen. Zu diesem Zeitpunkt war Shiho gerade erst geboren. Elena Miyano spielte bis zum rest ihres Lebens auf einer Kasette, um ihrer Tochter auf dem Weg in ein erwachsenes Leben nahe zu sein.
Calvados
Calvados war auch ein Mitglied der schwarzen Organisation. Er war in Vermouth verliebt, die das ausnutzte. So kam es dazu, dass er, von Shuichi Akai angaschossen, Selbstmord beging, damit das FBI in nicht schnappen konnte.
Tequila
Tequila war ein weiteres Mitglied der Organisation. Er sollte mit Hideaki Nakajima einen Deal abwickeln kam dann aber bei der Explosion die für Hideaki Nakajima bestimmt war um.