Tokio liegt an der Bucht von Tokio auf der Insel Honshū, der größten der vier Hauptinseln des japanischen Archipels, in der Kantō-Ebene (Kantō-heiya) durchschnittlich sechs Meter über dem Meeresspiegel. Die 23 autonomen Bezirke der Stadt Tokio haben eine Fläche von 621,45 Quadratkilometern.