Schwarze Organisation
Die Organisation ist eine Verbrechergemeinschaft, deren Ziele noch unbekannt sind. Sie sind skrupellos und schrecken vor nichts zurück. Haben sie ein Ziel vor Augen, setzen sie alles daran, es zu verwirklichen. Alle Mitglieder der Organisation haben Alkoholsorten als Decknamen und sind immer schwarz gekleidet. Während die männlichen Mitglieder Namen von hochprozentigen Getränken tragen, werden die weiblichen nach Weinen oder Weinmischgetränken benannt.
Mitglieder
Boss (Anokata)
Über den Anführer der schwarzen Organisation ist nur wenig bekannt. Die Mitglieder kontaktieren ihn immer per SMS. Wenn sie über ihn sprechen, benutzen sie das Wort "Anokata" (jap. höfliche Form von "Er") Seine Nummer lässt beim Eintippen (bei angeschalteten Tastentönen) die Melodie eines bekannten japanischen Kinderliedes ertönen.
Gin
Gin ist dem Anführer der Organisation direkt unterstellt. Sein Scharfsinn und seine Intelligenz machen ihn zum gefährlichsten Mitglied. Er verabreichte auch Shinichi das Gift, welches ihn schrumpfen ließ. Er tötete schon, Pisco, Akemi Miyano, Atsushi Miyano und einmal wollte er schon Wodka und Vermouth töten.
Wodka
Wodka scheint ein Untergebener Gins zu sein. Er spricht ihn mit Boss an und behandelt ihn auch so. Er ist nicht besonders gebildet und begeht oft Fehler, die Gin aber noch gerade so vereiteln kann. Einmal wollte Gin ihn deswegen sogar erschießen.
Vermouth
Vermouth ist eine Lieblingsagentin vom großen Boss und sie genießt daher auch Freiheiten und einen besonderen Schutz innerhalb der Organisation. Sie gilt als Spezialistin in Sachen Infiltration, Tarnung und Meuchelmord.
Chianti
Chianti ist eine Auftragskillerin und Scharfschützin der Organisation. Sie hasst Vermouth und möchte nicht mit ihr zusammenarbeiten. Ein Grund dafür ist, dass Calvados von ihr ausgenutzt wurde, obwohl er sie geliebt hat. Eine Vermutung könnte sein, dass Chianti und Calvados befreundet waren, da er ebenfalls wie Chianti ein Scharfschütze war. Ihr Markenzeichen ist ein merkwürdiges Tatoo unter ihrem linken Auge.
Korn
Korn ist genau wie Chianti ein Scharfschütze. Er hasst Vermouth auch dafür, dass Calvados sein Leben lassen musste. Er scheint manchmal etwas ungeduldig zu sein, wenn er sich zum schießen bereit macht. Er hat einen eiskalten Blick und trägt eine merkwürdige Brille.
Ausgetretene Mitglieder
Sherry
Sherry war eine Laborforscherin der Organisation und hat das Gift APTX4869 erfunden, dass der Organisation helfen soll, ein "perfektes Verbrechen" zu begehen. Da sich Sherry weigerte, die Forschungsarbeit ihrer Eltern weiter zu führen, sperrte man sie in einen alten Heizungskeller, bis man wüsste, wie sie zu beseitigen wäre. Dabei nahm sie das Gift selber ein, aber anstatt einen schnellen Tod zu finden, schrumpfte sie zu einer Grundschülerin. Sie entkam dem Keller und lebt fortan bei Professor Agasa mit dem Namen Ai Haibara.